Το Δεκέμβρη του 2004, σε εποχές δύσκολες για το σύλλογο, ο Κώστας Νεμπεγλέρας εντάσσεται στον Άρη, αποτελώντας την πιο ουσιαστική τότε προσθήκη. Παίζει ανελλιπώς στην περίεργη εκείνη χρονιά:Από τη μια ο τελικός της Πάτρας, από την άλλη ο υποβιβασμός.

Το καλοκαίρι, με τον Άρη στη Β΄εθνική, ο Νεμπεγλέρας θα παραμείνει στην ομάδα και θα αναδειχτεί ο ηγέτης της. Θα παίξει στα ευρωπαϊκά ματς με τη Ρόμα.

Στην Α΄εθνική, παρά την πληθώρα ικανών ξένων παικτών, θα αντέξει το συναγωνισμό. Η καλύτερή του χρονιά είναι το 2007-2008 επί Μπάγεβιτς, όταν μάλιστα θα πάρει και το περιβραχιόνιο του αρχηγού. Θα είναι παρών στην θαυμάσια ευρωπαϊκή πορεία, στη καλή αγωνιστική χρονιά αλλά και στον τελικό του Καυταντζογλείου.

Αμυντικό χαφ αλλά και δεξιός χαφ, που γέμιζε το χώρο του κέντρου, με τα αδιάκοπα τρεξίματα, τις μεγάλες φυσικές δυνάμεις, μονομαχίες έως να σφυρίξει την λήξη ο διαιτητής. Συνεχές μαρκάρισμα του αντιπάλου, καλός στα κλεψίματα, έβγαινε μπροστά, έχοντας δυνατό σουτ και ικανοποιητική πάσα.

Τον Ιανουάριο του 2009 θα αποχωρήσει από την  ομάδα μας, έχοντας παίξει 135 παιχνίδια και πετύχει 8 γκολ.

Ο Νεμπεγλέρας έκανε πραγματική κατάθεση ψυχής στο γήπεδο, για αυτό και ο κόσμος τον εκτίμησε και τον αγάπησε αναγνωρίζοντας τη σπουδαία του προσφορά. Θεωρείται ένας από τους πιο χρήσιμους και ωφέλιμους  παίκτες της μετά το 2000 εποχής.